Viborg F.F. blev grundlagt 1. april 1896, hvor det hele startede med noget helt andet end fodbold.

Blandt andet var idrætsgrene som gymnastik, cricket, hockey, boksning, atletik, skiløb, vægtløftning og brydning en del af Viborg F.F. i opstartsfasen.

Fodbolden, som skulle blive det Viborg F.F. er kendt for idag, kom først på programmet et par år efter grundlæggelsen, ligesom det nuværende kløver-logo og den grønne spilledragt først blev indført senere.

Klubbens første store sportslige højdepunkt kom i 1924, hvor Viborg F.F. hjemførte mesterskabet i Mesterrækken. Rækken var den bedste i Jylland, så det var en stor titel på det tidspunkt for den midtjyske domkirkeby.

Op gennem 1950’erne kæmpede VFF for at komme op i divisionerne, men først i 1959 lykkedes det at komme op i 4. division for første gang, idet kvalifikationen hertil havde fejlet ved adskillige lige ved og næsten forsøg.

En af de spillere der var med til oprykningen var Erik Bundgaard. Hans 421 kampe for klubben stod som klubrekord indtil foråret 2008, hvor Mr. Viborg, Jakob Glerup, satte sig på denne flotte klubrekord. Da Jakob stadig er aktiv, vides det endnu ikke, hvor mange kampe han kan nå op på, inden han stopper hans flotte professionelle karriere.

Bortset fra et par sæsoner i starten af halvfjerdserne har Viborg F.F. siden 1959 aldrig været placeret i turneringer under divisionsrækkerne. I foråret 1999 overgik alle spillere i klubben til heltids professionelle kontrakter, og nogenlunde samtidig med overgangen til heltids professionalisme, introduceredes Viborg F.F.Prof. Fodbold A/S på aktiemarkedet.

Klubbens hidtil største triumf var i sæsonen 1999/2000, hvor bronzen med mindst mulig margin glippede, men hvor man derimod kunne lade sig fejre som vindere af den landsdækkende pokalturnering, DONG Cup. Finalesejren kom i hus ved hjælp af et mål af Hans Eklund i 1-0 sejren over AaB i PARKEN. De mange medrejsende grønne fans kunne hylde deres helte, der med finalesejren for første gang i klubbens historie havde kvalificeret sig til europæisk fodbold, den daværende UEFA-Cup.

Her tog man i efteråret 2000 imod de mangedobbelte russiske mestre CSKA Moskva, som blev sendt ud af turneringen med en samlet 1-0 sejr. Efterfølgende røg holdet ud til spanske Rayo Vallecano efter to tætte kampe, hvor Rayo først sikrede sig videre avancement gennem et sent udebanemål i returkampen på Silkeborg Stadion.

Året efter at have vundet pokalturneringen, spillede VFF sig i semifinalen, og den samme bedrift blev opnået i 02/03 sæsonen.

I 2002 oprettede man FK Viborg for at give fodboldtalenter i det midtjyske optimale udviklingsmuligheder. Seks klubber fra Viborg er med i FK Viborg, som hele tiden er med til at udvikle talenter, som med tiden vil begå sig på førsteholdet i Viborg F.F.

Hjemmebanen Viborg Stadion huser i alt 9.566 siddepladser, og i begyndelsen af 2008 blev der opsat storskærme i hver ende af stadion.
Der er varme i banen, som er godkendt som DBU - og UEFA-stadion. Desuden bruger det danske kvindelandshold ofte Viborg Stadion til landskampe, ligesom Viborg Stadion er et af de danske stadions der lægger græs til U/21 EM-slutrunden for mænd i 2011.

Sæsonen 05/06 var en igen et godt sportsligt år for VFF, igen var klubben tæt på at få bronze, og de grønne lå i store dele af sæsonen på SAS-ligaens 3. plads. Dog kneb det med at vinde de afgørende kampe, hvilket resulterede i endnu en fjerdeplads til VFF.

I sæsonen 07/08, blev det desværre til en nedrykning til Viasat sport divisionen. Efter et år uden for den bedste række, iværksatte Viborg F.F. op til sæsonstarten 09/10 en treårs-plan, der skal sikre oprykning til landets bedste række inden sæsonen 2011/12, ved hjælp af en grundstamme af klubbens egne unge talenter.